Durante el periodo Sengoku, InuYasha había robado la Perla de Shikon con el objetivo de convertirse en un yokai completo, sin embargo, su plan es frustrado debido a que una sacerdotisa, utilizando sus últimas fuerzas, le disparó una flecha sagrada, clavándolo en un árbol, dejándolo paralizado y dormido por los posteriores 50 años mientras que la sacerdotisa, antes de morir, pidió que su cuerpo fuera quemado junto con la joya. Luego de 500 años, en el Japón actual, Kagome Higurashi, es atrapada por un monstruo cuyo espíritu estaba sellado dentro del pozo del templo Shinto en donde ella vive, transportándola a la era Sengoku, en donde conoce a InuYasha y descubre su situación actual relacionada con la joya. En un incidente provocado por un cuervo y la ayuda de Kagome, la joya fue destruida en miles de fragmentos, que volaron y desaparecieron en distintas partes del territorio. Debido a esto, ambos tienen la misión de recuperar sus fragmentos antes de que caigan en las manos equivocadas.
