Debido a la llegada de los "Amanto", los samuráis del Japón feudal han caído en la miseria y la desesperación. Negados sus espadas y su estatura, ahora son tratados como un objeto de lástima y total desprecio mientras los Amanto aterrorizan al país sin piedad. Para restaurar la reputación de los samuráis, el líder de la Facción Anti Extranjera, Kotarou Katsura, decide erradicar a los Amanto, incluso si debe recurrir a métodos violentos. Con un mecha gigante a su disposición, planea iniciar un ataque contra el Shinsengumi, un ejército de hábiles samuráis dedicados a proteger la paz de Edo. Mientras tanto, el dueño de Yorozuya, Gintoki Sakata, y sus amigos salen a ver las flores de cerezo. Sin embargo, son interrumpidos cuando aparece el Shinsengumi, alegando que Gintoki les ha robado su lugar para ver flores. Rápidamente en espiral hacia una pelea frenética, los dos grupos resuelven la pelea mediante un juego de piedra, papel o tijera, aunque con métodos bastante brutales.
