Gintoki y sus amigos de Yorozuya (o más bien, empleados que sufren violaciones laborales), Shinpachi y Kagura, continúan arrastrándose en la ciudad futurista e infestada de alienígenas de Edo. Asumen cualquier trabajo que puedan encontrar al tratar de no involucrarse en nada demasiado peligroso. Pero cuando Katsura, el líder de los rebeldes de Joui y conocido de Gintoki desde hace mucho tiempo, desaparece después de ser brutalmente atacado por un asesino desconocido, Shinpachi y Kagura comienzan una investigación sobre su paradero y la identidad del asaltante. Mientras tanto, Gintoki asume un trabajo aparentemente no relacionado: el herrero Tetsuya solicita que Gin recupere una espada extraña y poderosa llamada Benizakura que fue robada recientemente. A medida que las dos investigaciones se cruzan gradualmente, el grupo de Yorozuya se encuentra en medio de una gran conspiración que depende de la naturaleza siniestra de la espada de Benizakura. Gintoki decide llevar la lucha directamente al cuartel general enemigo y, junto con algunos aliados inesperados, emprende uno de sus trabajos más peligrosos hasta el momento.
