La historia se desarrolla unos meses después de la última escena de la serie de televisión. Durante un tranquilo día en Akihabara, Okabe y los otros miembros del laboratorio son invitados por parte de Feyris a ir a América. Mayuri y el resto planean reunirse con Kurisu, que había vuelto a un laboratorio americano. Unos días después, el científico loco Hououin Kyouma llega solo al aeropuerto de Los Angeles, donde dará el primer paso para sumir el mundo en el caos.
