La historia de Zankyou no Terror se encuentra ambientada en una versión alternativa de nuestro presente, en donde Tokio ha sido sacudido por un atentado terrorista que ha devastado la ciudad. La única evidencia de los culpables es un críptico y bizarro vídeo subido a Internet, lo que solo hace aumentar la paranoia a través del Japón. Sin que las autoridades lo sepan, las mentes maestras de estos atentados, quienes se llaman a si mismos "Sphinx", son dos adolescentes llamados Nine y Twelve que aparentemente no deberían existir. Ellos están decididos a "despertar el mundo" con sus terribles planes de destrucción para así hacerlos salir de su letargo.
