Años después de la Cuarta Guerra del Santo Grial, Waver Velvet se convierte en el jefe del departamento de Teorías Modernas de la Magia en la Torre del Reloj, sucediendo el título de Lord El-Melloi II. Waver y su aprendiz Gray parten para encontrar la verdad detrás de una sombra misteriosa que los acecha, mientras surgen problemas entre los magos de la Asociación.
